A partir de 2013, o Hospital São Rafael passa a contar com um novo prédio de 10 andares e 13.300 m2, aumentando o número de leitos de 298 para 398, o que significa um acréscimo de mais de 30%. O complexo conta, ainda, com terapia intensiva em oncologia e recebe investimentos da ordem de R$ 41 milhões, através de financiamento do BNB – Banco do Nordeste do Brasil.  O novo anexo, atualmente em construção, está sendo desenvolvido com o objetivo de otimizar e agilizar o tratamento de milhares de pacientes, suprindo em parte o déficit de leitos em  hospitais de Salvador. “Na nova estrutura, serão realizadas a construção de novos leitos de observação da emergência pediátrica e a ampliação do espaço reservado ao diagnóstico, à internação, à terapia intensiva e ao transplante de medula óssea”, destaca o Diretor Geral do hospital, Alfredo Martini.  Além da ampliação do atendimento, o anexo traz novidades, também, na sua estrutura. Passarelas metálicas irão ligar o novo complexo ao atual prédio do HSR, facilitando o acesso e conferindo um ar de modernidade ao hospital. Novidades sustentáveis também integram o projeto. Buscando seguir as normas ABNT, o São Rafael está adaptando as futuras redes de abastecimento de água ao uso de sistemas de pressurização (evita vazamentos), refrigeração e aquecimento, além de criar uma nova central de energia solar, respeitando as novas propostas de racionalização e preservação ambiental.